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在日本的某处，有一个名为博丽的神社，在这神社之中有着一道名为博丽大结界的结界。在结界的里面，妖怪与人类一同生活着，此处没有外界的喧嚣纷扰是一个幻想中的地方，因此被称为幻想乡。有时外界的人会被一名妖怪的贤者神隐至其中。而本故事，便是由一名年轻人被神隱到幻想鄉之後所發生的事情。